L'ultime directorat du XIXe siècle, assumé par Carolus-Duran (1837-1917), ne se démarqua des précédents que par un miraculeux redressement des finances de son établissement. Nommé en 1905 comme directeur de la villa Médicis, il y resta jusqu'en 1913. Le personnage, à la solide réputation de peintre mondain, ami de Manet et qui forma dans son atelier un certain nombre d'artistes anglo-saxons, était très ouvert à la peinture moderne. C'est aussi lui qui obtint qu'enfin les femmes fussent admises au concours de Rome et en reçut deux.

Quantité de synthèses et d'études particulières ont été consacrées au monde savant des Temps modernes, mais toujours à travers un prisme heuristique destiné à montrer l'acheminement de l'érudition vers les Lumières du XVIIIe siècle. Cette vision n'était pas partagée par les acteurs de l'époque, en dehors des philosophes faisant fi des travaux antérieurs et indifférents à leurs acquis. Cette étude a pour but de remettre dans une perspective plus exacte et plus précise les champs d'investigation de l'érudition littéraire du XVIe siècle à la Révolution, mise au point qui s'avérait nécessaire au-delà du débat philosophique qui oblitéra le reste.

Jules-Eugène Lenepveu (1819-1898), prix de Rome de 1842, s'était illustré par de grandes compositions allégoriques et par la peinture du plafond de l'Opéra. Il fut nommé en 1873 pour remplacer Ernest Hébert, trop compromis dans le régime du Second Empire. Son directorat fut surtout marqué par le début des dilapidations du secrétaire de la villa Médicis et son incapacité à enrayer cette machine infernale qui greva les directorats postérieurs.

Guillaume Guillon-Lethière, peintre formé sous l'Ancien Régime, qui sut traverser la tourmente révolutionnaire et s'attirer la protection de la future impératrice Joséphine, fut nommé en 1807 à la tête de la villa Médicis. Il trouva la nouvelle Académie de France à Rome en piteux état, dans un pays hostile à la France. Il sut remettre à son successeur, Charles Thévenin, un établissement en bon ordre. Sa correspondance jette un jour nouveau sur la présence artistique française à l'étranger sous l'Empire.