Les membres de UQ Holder sont tombés dans le piège de Baal mais ont réussi à se sortir de ce mauvais pas. Tôta, qui compte sauver Yukihime à l'aide du Mille Vincula, un artefact de Negi Springfield, part à l'assaut de Baal pour enfin libérer celle qu'il aime... Tous les numéros se dirigent vers Charon, le satellite de Pluton ! Mais Baal, puis Yolda, se dressent sur leur chemin et lancent leur sort le plus puissant, le Cosmo Entelecheia ! Alors que l'humanité est sur le point de s'éteindre, Tôta prend une décision inattendue...

Tôta Konoe a un rêve qui lui tient à coeur : rejoindre la capitale, perchée sur un pilier géant, et devenir célèbre ! Mais s'il veut quitter sa campagne, il va devoir remplir la condition imposée par le chef du village : battre Yukihime, une magicienne accomplie qui est également sa tutrice. Jour après jour, Tôta défie Yukihime dans l'espoir de remporter enfin la victoire... Mais l'arrivée d'un chasseur de primes qui en veut à leur vie va sonner la fin de leur quotidien paisible !

Après avoir vaincu Baal, le High Daylight Walker, les membres de UQ Holder s'offrent un temps de repos  bien mérité. Tôta invite Kurômaru à passer une journée  avec lui pour se détendre mais, soudain, ils se font attaquer par un clan de puissants chasseurs qui considèrent  les immortels comme leurs pires ennemis !

Après l'attaque de Jûzô Shishimi et de Shichijûrô Nanao Septo, les numéros  de UQ Holder doivent affronter plusieurs vampires pure souche menés par Baal. Les immortels  contre les High Daylight Walkers ! Un combat d'une ampleur sans précédent est sur le point d'éclater !

Tôta et ses compagnons se sont rendus au pied de la fameuse tour Ama-no-mihashira pour y coincer le véritable ennemi de UQ Holder : Fate Averruncus. Face à la puissance écrasante du magicien, les numéros ont eu fort à faire. Mais grâce au don miraculeux de Kirié Sakurame, ils sont finalement parvenus à capturer Fate qui retrouve Evangeline après 20 ans de séparation. Le combat s'engage aussitôt !

Tôta et Kurômaru ont passé l'épouvantable examen d'entrée à UQ Holder avec succès et ce en à peine un mois ! Ils font à présent partie du clan et partent donc pour leur toute première mission dans les bas quartiers qui entourent la capitale. Soudain, ils se font attaquer par un ennemi coriace mais Karin vient à bout de lui sans difficulté. C'est alors que trois hommes mystérieux apparaissent devant nos héros !

Changé en vampire par la force des choses, Tôta Konoe part en voyage à destination de la capitale avec Yukihime et Kurômaru Tokisaka. En chemin, ils tombent nez à nez avec UQ Holder, une organisation composée d'immortels dont Yukihime était à la tête. Mais pour y entrer, Tôta va devoir passer de rudes épreuves !

On sait maintenant que UQ Holder! est la suite directe de Negima! "UQ Holder" désigne le clan des éternels dont fait partie le héros, Tôta Konoe. Il s'agit du disciple de Yukihime, à savoir Evangeline Mc Dowell, un vampire de 700 ans. Mais Tôta est également le petit-fils du héros qui a autrefois sauvé le monde, Negi Springfield. Avec l'aide de Kurômaru Tokisaka, Kirié et ses autres amis immortels, il va devoir maintenant défier un redoutable ennemi !

Tôta et ses compagnons, qui séjournaient dans les bidonvilles pour leur première mission, se font soudain attaquer par la SMP Powerful Hand. Pendant la bataille, Tôta s'éveille à un étrange pouvoir, la Magia Erebea. Alors qu'il est à deux doigts de se faire capturer par Shion Nagumo, un chasseur d'immortels aveugle, les meilleurs éléments de UQ Holder, les « Numéros » font leur apparition. L'heure de la contre-offensive a sonné !

Tôta a été trahi par Nikitis, qu'il considérait pourtant comme son allié. Au même moment, le repaire de UQ Holder se fait attaquer par Jûzô Shishimi et Shichijûrô Nanao Septo, les deux Numéros les plus puissants du clan ! Ce combat entre immortels, dont un capable de pourfendre les dieux, repousse une fois de plus les limites du possible !

Tôta est parvenu à repousser l'interdiction divine pour passer un pacte temporaire avec Karin. Puis il enchaîne les Pactio, avec Ikkû, Santa, Shinobu, Mizore et enfin Kirié. Ses alliés acquièrent par conséquent de nouveaux pouvoirs, ce qui le rapproche encore un peu plus de son objectif, à savoir sauver le monde et Negi. C'est pourquoi il décide d'aller directement défier son ennemi juré, Fate !

Ce jour-là, il y a 600 ans, la pluie tombait à torrent. Karin, la pire criminelle du monde, la traîtresse qui ne peut même pas trouver refuge dans la mort, rencontre  Evangeline. Elle la défie en duel, mais perd le combat. C'est alors que leurs deux destinées vont se lier. Désormais, leur quotidien sera ponctué de combats contre des légions d'ennemis tous plus puissants les uns que les autres... 

Chachazéro diffuse les images d'un monde sans Asuna Kagurazaka... Dans cette version de l'histoire, Negi n'a pas réussi à éliminer Yolda et a perdu de nombreux compagnons pendant son combat. Découragé, il s'écroule dans les bras d'Eva qui le recueille chez elle. Après quelques jours de tranquillité, il se prépare, la mort dans l'âme, à "l'affrontement fatidique". Negi devra faire face aux flots déchaînés qui emportent tous ceux qu'il aime...

Les membres de UQ Holder sont parvenus à contrer l'attaque surprise de Cutlass, mais une nouvelle menace plane sur le monde ! L'eletrain, le véhicule de l'ascenseur orbital, a été piégé à la bombe nucléaire ! Tôta est tiraillé entre sauver mille personnes, un million de personnes, ou le coeur de Kirié ! Il devra faire un choix difficile pour mettre un terme aux actes terroristes lancés par Cutlass est ses complices.

« On va décrocher une fin heureuse à notre façon ! »  a déclaré Tôta après avoir été témoin d'un futur alternatif où  tout se terminait bien pour Negi et Yukihime. Au même moment, Cutlass, sa "petite soeur", s'introduit dans leur repaire alors qu'il n'y a presque plus personne pour le défendre ! Elle sera  accueillie par Jinbei et Gengorô. Mais Cutlass sait manipuler  le temps, et lui tenir tête ne sera pas une mince affaire...

Yukihime a envoyé Tôta et Kirié à Kyôto pour fouiller l'atelier de Nagi, le père de Negi Springfield. Mais entre les visites de la ville et les nuits à l'auberge, Kirié a l'impression d'être en week-end avec son amoureux...  Mais la réalité va vite les rattraper...  À peine sont-ils entrés dans l'atelier, qu'un mystérieux vieillard excentrique leur en fait voir de toutes les couleurs. Qui est ce personnage qui se prend pour le maître des lieux ? 

Sur la station orbitale... Un homme se tient immobile, le poids de la solitude pesant de toutes ses forces sur ses épaules... Mais il est sous l'emprise de son ennemie jurée, le mage du commencement qui hante son esprit à l'aide de sa "résonance". Il doit supporter une douleur inimaginable ! Tôta et ses amis se sont promis de sauver Negi mais parviendront-ils à vaincre le mage du commencement ?! Un combat titanesque s'amorce ! Nodoka miyazaki, negi springfield, yue ayase, rakan... Les personnages de Negima! font leur retour. 

Tôta et Karin ont ingurgité par erreur un sérum de vérité dans le bureau de Yukihime qui les place en isolement le temps que la drogue se dissipe. L'occasion pour Tôta et Karin d'avoir des échanges sincères sur ce qu'ils ressentent et de s'apprécier enfin... ou pas. Mais l'heure du tournoi de Mahora approche et l'agitation autour de Tôta retombe et semble tourner en faveur du festival et des activités qu'il propose.

Tôta et ses amis ont fini leur entraînement chez Dana, la Sorcière des Failles. Ils sont rentrés au QG de UQ Holder où Tôta a déclaré sa flamme à Yukihime. Mais à son grand désespoir, elle le rembarre sèchement. Voilà de quoi mettre en émoi ses amis qui voient une oportunité de tenter leur chance auprès du garçon. Mais l'arrivée inopinée de Shinobu, la jeune fille que Tôta avait rencontrée juste après avoir quitté son village, pourrait bien calmer leurs ardeurs. Un vent de jalousie est annoncé dans le clan...

Pour tenir sa promesse et revoir Kitty, Tôta tente de réussir son entraînement en mode ultra hard ! Tôta et ses amis sont devenus les disciples de Dana, la sorcière des failles. Au détour d'un couloir de l'étrange château, Tôta rencontre une jeune fille de 16 ans, Kitty, qui lui ouvre son coeur. Ils se promettent de se retrouver dans quatre jours... Mais Dana a préparé une épreuve qui ne peut se finir qu'en un mois ! De plus, un ennemi d'une puissance équivalente à celle de Fate les attend dans les ruines où ils doivent valider leur entraînement ! Alors que Tôta ne sait plus que faire, il va recevoir une aide inattendue !

Afin de devenir plus fort, Tôta se lance dans un sévère entraînement... qui l'amènera à une rencontre providentielle ! Un mystérieux mage, qui semble connaître la vraie nature de Tôta, lui lance un défi ! Pour le vaincre, notre héros décide de s'inscrire au tournoi de Mahora. Alors qu'il participe aux sélections avec Afro et Kurômaru, il finit par se casser les dents face aux candidats de rang A. C'est alors qu'apparaît une imposante femme, qui mène Eva à la baguette : Dana, la sorcière des failles. Tôta va débuter un entraînement austère sous son égide !

Grâce à Tôta et Santa, l'affaire de meurtres du campus a enfin été réglée ! Santa est devenu un nouveau membre de UQ Holder. Alors qu'il s'entraînait dans la cour de l'académie, Tôta se fait aborder par une "amie de son grand-père", selon ses dires. Elle va lui révéler l'existence d'un évènement de grande envergure et le conduire vers une vérité ahurissante, qui pourrait bien bouleverser son avenir...

Tôta et les autres numéros de UQ Holder se font passer pour des élèves du collège Mihashira afin d'élucider des meurtres causés par un non-humain. Bientôt, ils découvrent que leur colocataire, Santa, n'est autre qu'un fantôme. De toute évidence, c'est lui qui est à l'origine de ces crimes. Mais l'affaire n'est pas si simple car arrive un deuxième fantôme, Sayoko, qui se révèle être l'éminence grise de toute cette histoire ! Tôta sera-t-il assez puissant pour contrecarrer ses plans ?

Suite à une longue errance, Tôta a enfin retrouvé tous ses compagnons. Mais leur joie n'est que de courte durée, car ils se font très vite attaquer par une armée de démons et par Ikkû, qui est tombé entre les mains de leurs ennemis. Tôta parvient à repousser leur assaut en libérant Santa de son sceau, et tout le monde rentre au Japon. Là-bas, il apprend ce qu'il s'était passé quarante-cinq ans auparavant. De son côté, Karin dérive seule dans l'espace depuis une éternité et commence à sombrer dans le désespoir...

Urashima Keitarô a 19 ans, il vient de rater pour la 3e fois son examen d'entrée à l'université de Tôdai (l'une des plus renommées de Tokyo). Ne pouvant plus payer ses études, Keitarô est contraint de travailler dans une pension de famille appartenant à sa grand-mère Hina. Mais il ne sait pas que celle-ci est occupée par des jeunes filles excentriques. Keitarô réussira t-il à concilier son nouveau job avec ses études ? Et surtout arrivera-t-il à tenir la promesse qu'il a fait quand il avait 5 ans à une jeune fille de son âge ?

"Tôta est parvenu à récupérer Karin, qui avait été propulsée à l'autre bout de l'univers, puis Kirié, qui avait basculé dans une dimension parallèle. De son côté, Yolda Baoth, le Mage du Commencement, est entré dans la dernière phase précédant l'activation du Cosmo Entelecheia ! « Je vais sauver le monde et l'humanité, mais je vais aussi libérer Yukihime ! » Le rideau s'ouvre enfin sur l'ultime combat !"

En vue du combat final contre Yolda Baoth, Tôta est enfin arrivé au sommet de la tour, comme il en rêvait... Mais soudain, Baal lance une  attaque surprise. Ce qui s'est passé par la suite ? Il n'en sait rien, car il a  perdu la mémoire... Quarante-trois ans plus tard, il se fait attaquer par un  féroce ennemi à la solde de Baal ! Au bout d'un rude combat au péril  de sa vie, Tôta découvre avec horreur le sort de tous ses amis...

Le clan des chasseurs d'immortels a transformé Kurômaru en sabre divin.  Terrassé pour un temps par une attaque anti-immortalité, Tôta finit par  évoluer à un stade supérieur et vole à la rescousse de Kurômaru. Grâce  à son nouveau pouvoir, il localise son ennemi Yolda Baoth, le mage du  commencement. Il ne reste que peu de temps avant la fin du monde.  Pour les membres de UQ Holder, l'heure de la bataille finale a sonné !

Un combat à mort est en train de se dérouler entre le grand-père et son petit-fils. Pour vaincre Negi, Asuna Kagurazaka a demandé à Tôta et ses amis de faire durer la bataille au moins 37 secondes. Mais vont-ils réussir à tenir tête si longtemps à ces adversaires surpuissants ?!

Keitarô et Naru passent leur temps à s'embrasser depuis leur retour de Hokkaido, ce qui n'est pas du goût de Motoko. Elle n'arrête pas de se faire des films au lieu d'étudier. Ce n'est pourtant pas le moment de penser à l'amour pour elle, alors que ses résultats d'examens blancs sont désastreux. Les choses empirent quand sa grande soeur lui rend visite pour fêter son entrée à Tôdai. Sauf que Motoko n'a jamais réussi à lui avouer qu'elle était loin d'avoir réussi...

Keitarô et Naru rentrent de toute urgence à la pension pour ne pas manquer le rendez-vous que leur a fixé la grand-mère Urashima, mais la pension est vide... Elle ne tarde pas à téléphoner en s'excusant de ne pas avoir pu passer comme promis, et en profite pour demander à Keitarô s'il a bien retrouvé la fille de son enfance. Elle est sur le point de lui révéler son nom quand Naru coupe la communication...

Keitarô est prêt à partir pour les Etats-Unis et promet à Naru d'en revenir au bout de six mois. Quelques temps plus tard, arrive à la pension la petite soeur de Keitarô, Kanako, qui se présente comme la nouvelle gérante et décide de transformer la pension en hôtel traditionnel. Keitarô ne donnant aucun signe de vie, c'est le grand chamboulement dans les habitudes de nos pensionnaires qui se voient obligées de rester là...