Les églises médiévales lyonnaises ont connu une vie mouvementée. Nombre d'entre elles furent détruites lors des conflits armés, des guerres de Religion et à la Révolution, mais aussi du fait de l'évolution des pratiques religieuses ou architecturales, ou du développement d'espaces urbains nouveaux. Certaines ont totalement disparu : les anciennes basiliques funéraires Saint-Just et Saint-Laurent de Choulans, Saint-Étienne et Sainte-Croix du groupe épiscopal, des chapelles et recluseries. D'autres ont été reconstruites, comme Saint-Irénée, Saint-Martin d'Ainay, Saint-Nizier et les premières cathédrales sous Saint-Jean. Grâce à l'intérêt pour le patrimoine, surtout médiéval, qui se développe durant le XIXe siècle, les églises qui étaient encore debout ont été sauvées, mais souvent transformées. À partir de la seconde moitié du XXe siècle, l'étude du patrimoine religieux lyonnais connaît un nouvel élan, avec l'essor de l'archéologie du sous-sol et de l'archéologie du bâti. L'auteur brosse ici un portrait de la ville au cours des siècles, en replaçant les données archéologiques dans leur cadre historique et topographique. Il s'appuie sur les recherches archéologiques qu'il a menées à partir des années 1970 et dont il avait publié une synthèse des édifices antérieurs à 750 dans Lugdunum christianum (1998). Le présent ouvrage a pour vocation de compléter ces analyses en fournissant les données plus récentes concernant les époques carolingienne, romane, gothique et moderne. Il traite également des églises construites par les ordres mendiants et qui ont presque toutes disparu, comme celle des Cordeliers de l'Observance, la seule à avoir été l'objet d'une étude avant sa destruction. Ce travail auquel, au fil de l'ouvrage, ont été associés d'autres chercheurs, était d'autant plus nécessaire que les vestiges des édifices de culte ont livré des renseignements de première main sur les périodes les plus anciennes, non seulement sur la vie religieuse mais également sur la topographie urbaine, l'activité économique et la société.

Dans des cadres géographiques et historiques très diversifiés, les couloirs, plaines, collines et montagnes de l'actuel espace rhônalpin ont accueilli au Moyen Âge un grand nombre d'abbayes des principaux ordres religieux. Ces abbayes et d'autres, plus lointaines, ont multiplié les prieurés, mettant en place de véritables réseaux. Cet ouvrage s'attache à décrire l'implantation, au sens large du terme, de ces établissements monastiques, leurs moyens de subsistance et leur aspect monumental. Sous la direction magistrale de Marcel Pacaut, récemment disparu, le premier exposé traite de l'installation, du développement du monachisme et de ses fonctions religieuses. Michel Wullschleger a coordonné l'analyse des modes d'insertion des communautés monastiques dans le monde et la société de leur temps. Jean-François Reynaud a assumé la direction générale de l'ouvrage et s'est spécialement impliqué dans l'étude de l'architecture et des fonctions des bâtiments religieux, communautaires et utilitaires.